1、管理部門（理事會，監事會）

（1）理事會

理事會為研究院的最高權力機構。 研究院實行理事長負責制，副理事長協助理事長工作，秘書長主持研究院日常工作，處理研究院日常的事務。

理事會設名譽理事長一人，名譽副理事長（若干），理事長一人，副理事長（若干），秘書長一人。

（2）監事會

監事會對研究院理事會人員執行職務的行為進行監督，對違反法律、行政法規、研究院章程的理事及管理人員提出糾正或罷免建議。 監事會設監事長一人，副監事長（若干），監事（若干）; 監事長由研究院主要出資人推選，其他出資人可向研究院選派監事。

2、運營部門（秘書處）

秘書處是研究院的常設執行機構，設秘書長一人，副秘書長（若干），秘書長在理事長的領導下主持研究院全面工作，副秘書長協助秘書長工作，分管並主持各自負責部門的日常運營工作。

秘書處內設“全球研究中心、區域研究中心、報告製作處、專家事務部、海外聯繫中心、中國事務部、財務部”等日常運行及管理工作部門。

3、專業工作機構：

（1）中國金絲楠理事會

（2）中國金絲楠專家委員會

（3）中國金絲楠藝術品檢測認證中心

（4）中國金絲楠藝術品價值評估中心

（5）中國金絲楠植物保育中心

（6）中國金絲楠文化傳播中心

（7）中國金絲楠大數據管理暨指數發佈中心

（8）中國金絲楠藝術品誠信聯盟

（9）拟与香港中國金絲楠研究院和中國奢侈品旗艦有限公司合作签署四川瑰寶 款待世界/中國植物大熊貓集散地/中國金絲楠植物（標本）藝術文創產業博覽旅遊區合作框架协议